Qual pacote você instalou?

Se você está utilizando o "Clamav" junto com o Dansguardian, é uma implementação com custo/beneficio de recursos interessante. Agora se você está usando o pacote em que o HAVP é também um Proxy, não compensa, a utilização de recursos é alta demais pela detecção de vírus que ele proporciona.

Respondendo sobre as capacidades dele:
Serão verificados arquivos acessados diretamente pelo Browser, se o usuário acessa seu e-mail via POP3, os anexos não serão verificados, já que a comunicação não passa pelo serviço de proxy.