Intentare cambiar la configuración del router para que acepte los ping.
Luego comento.

Ejemplo, sacado de mi /var/db/rrd/updaterrd.sh:

get_quality_stats_wan () {
	packetloss_wan=100
	roundtrip_wan=0
	local out_wan
	out_wan=` ping -c 5 -q 192.168.4.113 `
	if [ $? -eq 0 ]; then
		packetloss_wan=` echo $out_wan | cut -f18 -d' ' | cut -c -1 `
		roundtrip_wan=` echo $out_wan | cut -f24 -d' ' | cut -f2 -d'/' `
	fi
	/usr/local/bin/rrdtool update /var/db/rrd/wan-quality.rrd N:$packetloss_wan:$roundtrip_wan
}

Veo que esta pingueando a 192.168.4.113, que es un router conectado a mi WAN y que actua de gateway a mi pfSense. Si ese router no estuviera respondiendo a los pings que le hace mi pfSense, creo que es cuando me saldria mi grafico de calidad de la WAN como te sale a ti, como si todo fuera packet loss.

¿Es posible que sea algún filtro en el router?

que tal si realizas estas pruebas:

1. conecta otro isp a tu wan con supuesta falla, de esta manera se descarta el isp y la wan
2. desconecta las 2 wan buenas y deja funcionando solo la wan en supuesta falla, de esta manera verificas si de verdad el balanceo funciona y navegas por la wan con supuesta falla...

comentanos luego...

Adjunto imagen:
http://www.cemolina.com/img/tmp/quality2.jpg

es muy extraño, cuando mi proveedor de internet falla entonces salen las graficas en rojo, indicandome que los paquetes se estan perdiendo y se nota facilmente ya que no se puede navegar... por lo general para solventar el problema reinicio la asignacion de ip, es decir libero la ip de la wan y la solicito de nuevo, equivalente en guindows: ipconfig /release, luego: ipconfig /renew, u se resuelve el problema.

ahora yo no tengo balanceo dado que solo tengo una wan en los 3 sistemas que administro, te consulto has ejecutado un tracert en tu pc con salida por regla a esa wan a ver si en efectivo sale por esa wan y no por otra??

tal vez la tarjeta este bien, y solo sea un problema de tu proveedor conectado a tu wan con falla.

De todas maneras cambiare la tarjeta de red por otra nueva.

el color rojo implica paquete perdido... tal como lo indica la leyenda en la parte inferior de la imagen de tu post, es decir se presentan problemas con esa wan, dado a que tienes balanceo de carga todo funciona bien... en otras palabras existe una falla en esa interface...