Т.к. перестановка была не вариантом, доступа к серверу не было, все делал удаленно. Решил проблему следующим образом, может кому пригодится. Сделал бэкап, из скачавшегося xml файла убрал все упоминая про suid и squidguard. Восстановился при помощи отредактированного xml, появилось сообщение в веб интерфейсе, что в фоне ставятся пакеты, ничего не делайте. В течении получаса оно не исчезло. Перезагрузил сервер, после перезагрузки отвалился NAT и web интерфейс. Через ssh перезагрузил web интерфейс и восстановился из первоначального бэкапа. Опять появилось сообщение в веб интерфейсе, что в фоне ставятся пакеты, ничего не делайте. Через 10 минут оно исчезло, вместе с ним прошли все глюки. Для проверки еще раз перезагрузил сервер, все Ок.
После этого стало интересно, что там такого делает pfsense при приостановлении из бэкапа.