@admclayton Da maneira que está configurado, eu tentaria fazer o seguinte:
1 - Criar um alias e incluir os hosts que você quer que saiam pela WAN e não pela internet do outro site.
2 - Criar uma regra de firewall e incluir esse alias em source da regra, destination any, e incluir la em advanced options, na parte de gateway, a WAN.
3 - Essa regra precisa estar acima da regra de acesso a internet onde os outros clientes estão saindo pelo túnel.
Observação: Eu não sei se essa opção vai funcionar, precisa testar, eu nunca teste isso antes.
Caso não funcione, a outra opção que eu conheço seria você desativar o tunel IPsec e fechar uma openvpn com o Fortigate.
Nesse caso, você precisaria configurar o openvpn no pfsense, criar uma interface para essa openvpn, e utilizá-la como gateway na regra onde os aliases foram criados no passo 1 lá trás.
Aqui tem mais ou menos como funciona:
https://docs.netgate.com/pfsense/en/latest/book/openvpn/assigning-openvpn-interfaces.html
Qualquer dúvida posta pra gente que tentamos ajudar.