@marcelloc:
Faça um teste sem autenticação e com o cache=null para ver se dá alguma diferença.
Então, fiz melhor, montei 2 ambientes, com a versão 2.2.5 e 2.2.6, apenas instalei o pfsense, configurei e posteriormente instalei o pacote squid em ambos, por incrível que parece o mesmo problema apareceu em ambos ambientes de teste, tipo, se não passar pelo proxy as taxas de downloads ficam maravilhosas, passando pelo proxy, a navegação dos usuários fica muito boa, porém a taxa de download cai em sua qualidade bastante.
Ambos com CACHE NULL e sem autenticação NTLM.
Em meu ambiente tenho um switch CORE HP 7502, achei em determinado momento que poderia ser alguma configuração dele, porém o problema só acontece quando passa pelo squid.
Obrigado pela resposta Marcelloc