J'ai trouvé la solution.
Il s'agissait d'un problème de fragmentation des trames. J'ai du changer de routeur cisco pour un plus récent qui gère la fragmentation.
J'ai suivi ce lien : http://www.cisco.com/en/US/tech/tk827/tk369/technologies_white_paper09186a00800d6979.shtml
Il faut activer sur les interfaces du routeur Cisco la commande :
(conf-if) ip virtual-reassemblyPuis régler le MSS de l'interface du VPN avec la commande :
(conf-if) ip tcp adjust-mss [valeur]J'ai ajusté le MSS à 1300 et dans pfsense –> Advanced --> Misc : ajuster le MSS clamping à la même valeur.
Voilà ma solution, j'espère qu'elle sera utile à d'autres utilisateurs rencontrant le même problème !
Salutations !