Hola que tal claro entre si y entre un no, puede ser que me equivoque, por ejemplo control por aplicación siempre y cuando uses traffic shapping, si configuras un firewall denegaras muchas cosas, lo que evitara que uses ciertas aplicaciones ( p2p, etc. ) ahora dependiendo como configures tu squid ( proxy no transparente, proxy man and the middle) ahora sobre el monitoreo es una herramienta eficaz ( puedes tener en tiempo real las graficas de consumo, monitoreo rrd grahps, por IP a traves de bandwith pero ojo ver exactamente que consume una IP creo que solo es posible a través de iftop, siempre y cuando no este configurado el proxy en el navegador, ya q si eso sucede sera el squid el que haga tus solicitudes, ahí tendrás que aplicar delay pools)
Ojo no soy experto a nivel de conocimiento como otros del foro, pero tal vez estos datos te sirvan, nos cuentas como te va.
Atentamente