Marcos, no se puede instalar otra version, ya que pfsense no trae compilador (aunque hay un paquete para development pero yo no lo he probado) y para lo que quieres es necesario tambien mysql, php, apache, perl y muchos otros, y como no podes usar los ports (no se puede en pfsense) al final se arma un lio con las dependencias instalando todo eso a puro paquete y te queda una ensalado con errores por aqui y por alla.
Mejor instala en una maquina freebsd (o linux o el unix que tu sepas manejar) aparte dedicada para ello el freeradius y dale soporte para mysql, por supuesto tambien necesitas mysql-server y php y apache y perl ,etc ,etc, luego configuras pfsense para autenticar el CP contra un radius externo.
Resumen: tenes que conocer mas o menos bien como configurar e integrar todas esas herramientas, lo que quieres no es algo sencillo, ni mucho plug and play :)
Por si te interesa date una vuelta por este link http://sourceforge.net/projects/phpmyprepaid/
saludos