¡Hola!
A parte de poner tus DNS externos en [System] [General Setup] también puedes indicarlos en [Services] [DHCP Server] [LAN]:
http://www.bellera.cat/josep/pfsense/dhcp_cs.html
De esta forma el DHCP les asignará los externos a tus estaciones, en lugar del servicio DNS del propio pfSense.
Todo tiene la apariencia de que tienes algún tipo de saturación en tu red o en los equipos (ataque, virus, P2P). Conviene pues analices bien qué está pasando, empezando por mirar la tabla de estados de pfSense en [Diagnostics].
DNS va por UDP. Esto quiere decir que las estaciones piden la resolución y el servicio DNS simplemente la envía, sin esperar conformidad. En determinados casos pueden producirse tormentas UDP por exceso de peticiones, ataques o virus. Algunos switches y cortafuegos tienen funcionalidades para aminorar las tormentas UDP.
Revisa bien tu red …
También podría darse el caso que necesitaras el apoyo de un segundo DNS local, más lentito que el de pfSense pero con más capacidad de resolución. No hablaste de qué tamaño de red tienes ni de los hábitos de tus usuarios. Habría que valorarlo en función de esto …
Saludos,
Josep Pujadas