trocar o HD (a não ser que esteja com problema) não me parece uma solução….
enfim, tive um erro parecido quando tentava colocar o pfsense nos HP Microserver. Depois de também trocar mais de 6 HDS de variados tamanhos e diversas configuracoes na BIOS, instalar por pendrive, CD, etc... o problema todo estava na porta SATA (que era compartilhada em 4 HDS) e dai o pfsense se perdia
como o microserver tinha uma porta sata interna "separada" (um cabo unico) liguei o HD nela e funcionou na hora perfeitamente....
seu servidor não tem algum cabo parecido com o que eu descrevi? se sim, tenta com um cabo avulso.