Spät ist besser als Gar nichts.
EAP ist lediglich ein Protokoll zur Authentifizierung. Es überträgt Nutzernamen und Passwörter im Klartext, deshalb kommt es in diversen Varianten zum Einsatz. Zum Beispiel mit TLS oder TTLS. Diese sorgen für die Verschlüsselung der übertragenden Daten.
Zwischen dem Radius-Server und dem Authenticator (pfSense) wird nur das EAP-Protokoll eingesetzt. In diesem sind dann TLS oder TTLS oder sonstige Formate gekapselt, die die Verschlüsselung implementieren. Daher benötigt pfSense bei der Authentifizierung mit einem Radius-Server nur die Angaben für EAP. Also IP, Port und Shared-Key um sich beim Radius-Server zu authentifizieren. Alles andere wie Zertifikate werden nur zwischen Client und Radius-Server ausgetauscht. pfSense dient da nur als Mittelsmann.
Um das Verfahren besser verstehen zu können folgende Seiten sehr hilfreich.
http://www.heise.de/netze/artikel/WLAN-und-LAN-sichern-mit-IEEE-802-1X-und-Radius-979513.html
http://www.heise.de/netze/artikel/WLAN-sichern-mit-Radius-1075339.html