Hola!
He encontrado una solución, pero de todos modos, gracias por tu ayuda Bellera. Me miraré ese código para entender mejor cómo maneja el portal cautivo.
La cosa es que descubrí que si a la función ENCRYPT le pasas la cadena a encriptar y como valor SALT le pasas el valor cifrado que hay actualmente en la base de datos ligado a ese username, si la función acaba devolviendo exactamente la misma cadena que el valor SALT que le has pasado quiere decir que la contraseña es correcta.
Además, como siempre le especificas un SALT, por mucho que aplicases repetidamente esa función a una misma cadena siempre devuelve el mismo valor cifrado, cosa que soluciona el problema que tenía al principio.
Dejo la query mysql hecha con PHP y la clase PDO por si a alguien le sirve:
$sql = $conn->prepare('UPDATE radcheck SET value = ENCRYPT(:newPassword) WHERE username = :user AND value = ENCRYPT(:password, value)');
$sql->bindParam(":newPassword", $newPassword, PDO::PARAM_STR);
$sql->bindParam(":user", $user, PDO::PARAM_STR);
$sql->bindParam(":password", $password, PDO::PARAM_STR);
Gracias.
Saludos!
