Saludos.
Cuando reinicias lógicamente estás matando todos los procesos, por ello siempre va a funcionar rápido, sin embargo los servidores no están para reiniciarlos nunca, (salvo los de windows ;) )
Si tienes muchos procesos de PHP corriendo, posiblemente ese sea tu problema, por lo que te recomendaría reportarlo a los programadores de pfsense como un posible Bug, ya que PHP es uno de los lenguajes de código abierto más vulnerables que existe… yo hubiese optado por perl o python para hacer la interface web.
Una de las cosas que quiero aprender de pfSense, es precisamente poder manejar su shell, todos los comandos, demonios y archivos de configuración para realizar todas las configuraciones que se realizan por la interface WEB, ya que mi intención de administración remota es hacer uso de SSH para evitar tener PHP en la nube..., si tu caso es que sabes cómo manipular bien pfSense con la shell, podrías reiniciar el webserver, esto lógicamente debería de matar todos los procesos PHP. algo al estilo Debian como /etc/init.d/[ apache | nginx | lighthttpd ] stop y luego start.
Por otra parte, me extraña un poco que tengas un mensaje de error de FAT32, cuando realmente creo imposible que pfSense use FAT32 para nada, debería y usa UFS como sistema de archivos… vamos... con tantos sistemas de archivos tan buenos para Xnix podría jurar que a la gente de pfSense no se les ocurriría usar FAT32, salvo que sea un LiveUSB.
Recuerda plantear tu problema en el Foro principal (en inglés) para que los desarrolladores revisen si es un Bug (que activaste por casualidad con algún parámetro) y puedan resolverlo.
Saludos.