Amigo, passei por esse problema é resolve quando criei uma regra no firewall incluindo os IPs das maquinas que passariam fora do proxy e no DHCP que no meu caso uso o do Win 2008 R2 fiz a reserva do IP. Agora detalhe, tive alguns problemas com o Chrome, tem uma versão dele que é bugada para conexões NTLM, para ser sincero nem sei se corrigiram esse bug na versão atual!
https://bugs.chromium.org/p/chromium/issues/detail?id=544255