Si no te entendí mal solo te filtra cuando configuras el acceso mediante el proxy, es decir, agregar la ip y el puerto a las opciones de internet. Si es así y no podes configurarlo a mano por ser muchas pcs tenes 3 opciones
depende de que los navegadores tengan una opción tildada que no es default pero si es un dominio por GPO podes activarla.
https://social.technet.microsoft.com/wiki/contents/articles/5156.how-to-force-proxy-settings-via-group-policy.aspx
Arma algún archivo de autoconfiguracion WPAD, si los equipos tienen la opción de autoconfiguracion (que activarias mas arriba) van a buscar el archivo en la red y van a levantar la configuración automáticamente. https://doc.pfsense.org/index.php/WPAD_Autoconfigure_for_Squid aca te dejo algo de info.
Podes ver de configurar el proxy por GPO directamente, yo lo hice pero no me funciono en todos los equipos, puntualmente en los de windows 7 no funciono pero si en xp. https://campus.barracuda.com/product/websecurityservice/article/WSS/ConfigureProxyUsingGP/
Y sino la ultima opción que use y la que mejor me resulto fue crear un script de autoconfiguracion, no es mas que un simple bat que deje para que corra con el login de cada usuario dentro del dominio aunque también podes pasarle el bat al usuario y que lo corra a mano, podes dejarle uno para configurar tu proxy y otro para desactivarlo, para que cuando este en la red labure a través del proxy y cuando no este pueda desactivarlo y salir directo.
–---------------------------------------
Creación y configuración del proxy
REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v MigrateProxy /t REG_DWORD /d 1 /f
REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v ProxyEnable /t REG_DWORD /d 1 /f
REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v ProxyHttp1.1 /t REG_DWORD /d 1 /f
REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v ProxyServer /t REG_SZ /d http://IPPROXY:PUERTO /f
REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v ProxyOverride /t REG_SZ /d "<local>" /f
exit
Desactivar proxy
REG ADD "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings" /v ProxyEnable /t REG_DWORD /d 0 /f
exit
Copia solo las llaves de registro y guardalo como un archivo .bat y vas a poder activar y desactivar el proxy desde ahi.
Espero que te sirva.
Saludos</local>