Hola, aqui olvidate de pfsense, miralo como FreeBSD y entrale a la consola a buscar los directorios/archivos mas grandes y donde estan.
Asi vas a saber quien se lo esta comiendo, cuando configuras squid tu le indicas cuanto espacio el va a usar para el cache, de ahi no se pasa el nunca.
Espero no le hayas dado todo el disco.
Saludos!!!