Obrigado pela dica, e foi isso que nos salvou. Nos tinhamos ativado o serviço de sombra do Windows Server e o cliente so perdeu dois dias de trabalho.
E sobre o ftp consegui configurar com alias colocando o ip do servidor apontado para o dominio do cliente liberando qualquer porta para abos os lados. Porem marcando as flags necessárias para que as comunicações aconteçam.
Por enquanto isso resolvel.