Acredito que agora os problemas com virus no MSN chegarão ao fim ;D, mas acho que a microsoft fez isso para poder vender o Lync para as empresas (Que já ate passaram aqui na empresa oferecendo)!
Realmente monitorar o Skype e complicado justamente pela criptografia, então já vou fazendo alguns testes aqui com o Openfire+Pandion. @diegogyn:
Se alguém conhecer alguma alternativa de IM posta ai também!
Tem o Ejabberd, já usei e funciona melhor que openfire (na minha opnião), podendo ser integrado ao AD, para mim a desvantagem é que ele não oferece a versão web, como o openfire.