Hola,
Yo tengo un pfSense con 3 WANs, y uso las colas para Failover (no uso balanceo de carga).
Tengo 3 ISPs distintos, con lo que tengo 6 DNS de cada ISP. Uso unicamentelos DNS primarios de cada ISP, y tengo puesta una regla para cada DNS, de modo que los DNS requests a esa IP concreta vayan por el interface del ISP que toque (peticiones a DNSISP1 salen por WANISP1, etc)
Uso los mismos DNS como IP de comprobacion de cada conexion. Si es imposible pinguear la IP de DNSISP1, eso significa que WANISP1 se ha caido.
No tengo claro que mi sistema sea el mejor, pero vaya, al menos tienes que asegurarte que tus DNS requests siempre tengan salida (podrias mandarlos a ellos mismos a una cola de Failover que use las dos conexiones, por ejemplo)