Ist eher ein generelles Verhalten (als Problem würde ich das nicht bezeichnen) von Statefull Inspection Firewalls. Diese Firewalls achten peinlichst darauf, dass der "State" stimmt, ehe sie ein Paket weiterleitchen. D.h. dass bei TCP genau das erwartete Paket passieren muss, ansonsten werden weitere blockiert, und erwartet wird das eben auch das Antwortpaket.
https://de.wikipedia.org/wiki/Transmission_Control_Protocol#Daten.C3.BCbertragung
Bei deiner weiteren Frage kann ich dir leider nicht helfen, da hab ich nicht die Erfahrung. Allerdings denke ich schon, dass das auch problemlos mit Loadbalancing läuft, hier werden ja die beiden Übertragungskanäle von einem Router verwaltet und dem wird es egal sein, aus welchem Tunnel das erwartete Paket raus kullert.