¡Hola!
Con top se ve tu equipo sobrado … O sea que no es un problema de CPU.
Veo que hace 8 días que tienes el sistema funcionando. Prueba a reiniciarlo, a ver cómo se comporta. A veces, al trastear, mejor un reinicio limpio.
En la configuración de squid tienes Maximum object size a 4 kByte. O sea que poco estás cacheando. La mayoría de objetos irán DIRECT. Eso sí, pasando por squidGuard.
Tienes puesto sólo tres procesos children y hacer bypass de squidGuard en caso de no poder atender las peticiones. Si estás con pruebas esto no es importante. Pero si hay muchos usuarios y realmente quieres asegurar que no se salten el filtro, aumenta el número de children y desactiva el bypass.
En cuanto al rendimiento, mira mi post sobre atacontrol, a ver qué tipo de disco tienes. Aunque si no estás cacheando …
Saludos,
Josep Pujadas