Pessoal, fuçando mais um pouco Internet afora encontrei a resposta! Também editei o título pra que fique mais fácil caso outros precisem dessa solução.
Seguinte, pra dar bypass num IP específico através do script WPAD basta adicionar esta linha ao script:
if (myIpAddress() == "xxx.xxx.xxx.xxx") { return "DIRECT"; }
Obviamente "xxx.xxx.xxx.xxx" deve ser substítuido (mantendo as aspas) pelo endereço IP que você quer fazer passar direto.
Obs.: Pude ver em mais de um site que há ressalvas ao uso desta função (myIpAddress), alegando que ela pode retornar o IPv6 da máquina ao invés do IPv4, o que não é suportado pelo WPAD/PAC. Ou ainda, que ela pode retornar um endereço IPv4 diferente do esperado, caso haja mais de um na máquina. Por fim, há o risco de ele retonar "localhost" ou "127.0.0.1" como endereço: há um tratamento para isso no artigo da Wikipédia (http://en.wikipedia.org/wiki/Proxy_auto-config) sobre o assunto, mas esse tratamento resolve o problema apenas no Internet Explorer 9 ou superior.
O que posso dizer é que nos meus testes tudo funcionou como esperado: hosts que estavam configurados da forma acima passaram direto pelo proxy, e os que não estavam foram barrados.
De qualquer forma obrigado a todos, tenho aprendido muito aqui!